Стратегия сформирована с учетом определенных Морской доктриной критериев эффективности национальной морской политики. Она учитывает степень реализации краткосрочных и долгосрочных задач национальной морской политики, степень реализации торговым, рыбопромысловым, научно- исследовательским флотом и другим специализированным флотом суверенных прав РФ в ее исключительной экономической зоне и на континентальном шельфе, свобод открытого моря в районах Мирового океана, способности военной составляющей морского потенциала России обеспечить защиту интересов и безопасность РФ. Реализация стратегии будет осуществляться в рамках государственных программ, включающих в себя федеральные целевые программы и подпрограммы.

Основную часть проектов, связанных с развитием морской деятельности, предполагается осуществлять посредством реализации таких федеральных целевых программ, как "Мировой океан", "Развитие транспортной системы России (2010-2015 годы)", подпрограмм "Морской транспорт" и "Развитие экспорта транспортных услуг", "Развитие гражданской морской техники" на 2009 - 2016 годы, "Повышение эффективности использования и развитие ресурсного потенциала рыбохозяйственного комплекса в 2009-2014 годах", "Создание системы базирования Черноморского флота на территории Российской Федерации в 2005-2020 годах", "Государственная граница Российской Федерации (2003-2011 годы)".